В этом задании я работала с двумя объектами, PDB ID которых 7MPD и 2I6P. Они оба относятся в гидролазам. Стркутуры отличались между собой числом лигандов.
Ссылки на PDB:
Для визуализации электронной плотности я выбрала одинаковые регионы в обоих структурах: 41-51. Уровень подрезки я выбрала равным 2, значение crave=1.5, так как они показались мне наиболее подходящими.
Визуально,посмотрев на стрктуры, можно предположить, что для 2I6P разрешение ниже, чем для 7MPD.Изучим состояние ЭП на картирках. Для первой структуры электронная плотность менее четкая, более неровная, в некоторых местах неполностью покрывает атомы, из-за чего повышается число расположения атомов. ЭП для 7mpd более точно говорит о положении атомов и согласуется с положением атомов остова, из-за чего и предполагаем более высокое разрешение. Проверив значения на pdb, предполоежние оказывается верным, так как для 2I6P resolution= 2.50A, а для 7MPD resolution= 1.05A.
Заметим, что при переходе 1 -> 2 -> 3 какие-то регионы остова структуры перестают быть покрытыми mesh'ем. Чем больше значение подрезки, тем меньше электронной плотности, так как меньшее значение подрезки соответствует меньшее плотной области. Предполагаем, что боковые участки более подвижны, из-за чего электронная плотность в центре больше, чем с боков.
В этом задании требовалось посмотреть электронную плотность для лиганда. Также была проделана Серия mesh'ей вокруг остова на уровнях подрезки 1,2 и 3.
В этом случае снова при уменьшении значения подрезки уменьшатеся область покрытия mesh'ем. Заметим, что наиболее плотное покрытие у более электроотрицательных атомов.